Zu eurem ersten Problem:

Also ich würde nur ein Förderband-System vom Frachtcontainer bauen. Sprich Container -> Förderband -> Raffinerie -> Förderband -> Assembler. Denn nach eurem Prinzip geht das Erz erst zur Raffinerie, dann wieder durch den Container zum Assembler.

Die Raffinerie arbeitet grundsätzlich nicht auf Anfrage. Es ist ihr völlig wurscht, was der Assembler gerade braucht, die raffiniert einfach das, was da ist. Die hat keinerlei Intelligenz eingebaut. Die müsst ihr liefern. Entweder, indem ihr manuell die Erze vorschiebt, die ihr gerade braucht, oder indem ihr mehrere Raffinerien mit einem Sortiersysterm baut. Das werdet ihr im Laufe der Zeit noch lernen.

Es ist auch gut möglich, dass es im Workshop Skripte gibt, die so was anbieten. Allerdings ist deren Einrichtung bisweilen ein bissel schwierig. Für ein besseres Verständnis der Spielmechanik ist es am Anfang besser, das erst mal mit "Bordmitteln" in den Griff zu kriegen.

Was Problem Nr. 2 betrifft:

Ihr könntet mal versuchen, das Save im Kreativmodus zu laden, und den Block dort einfach zu entfernen. Gelingt das, einfach abspeichern, und gut ist. Spielt ihr mit Mods? Evtl. pfuscht da ein Mod drin rum.

EDIT:
Ach so, ganz vergessen. Schaut euch mal die Elektroöfen noch an. Auf Englisch heißen die wohl Blast Furnace, oder Arc Furnace. Die können zwar nur Fe, Ni, und Co schmelzen, sind aber viel kleiner, schneller, effizienter und brauchen weniger Strom. Gerade für Kobalt lohnt sich das, weil Kobalt sehr lange braucht, um durch die Raffi zu laufen und so lange alles blockiert.

Gut zu wissen!

Wie so oft bringt Taurec es kurz und knackig auf den Punkt.

Bei Problem zwei bin ich erstmal ratlos. Wie schon gefragt wurde - wie sieht es mit Mods aus?

Use TIM Taleden's Inventory Manager
Der löst alle eure Probleme und ist relativ easy einzurichten (Script kein MOD)
Ohne TIM möchte ich einfach nicht mehr spielen

Einen oder mehrere Cargo im Namen [TIM Ore] nennen (der bekommt alle Erze)
Einen [TIM Ingots] Der bekommt alle Barren
Und die Raffinery & Assembler [TIM Auto] ... mehr ist das nicht.
Es gibt aber noch viiiel mächtiger ... wenn ihr wollt.

@DOSorDIE Nicht alle mögen Mods! Und wer sagt denn, dass alle von uns mit der Produktion Probleme haben?

Ein Skript ist kein Mod. Skripte sind ja vom Spielehersteller vorgesehen und waren immer schon eins der Hauptkonzepte von SE. TIM ist ein wirklich gutes Skript, genauso wie z.B. die Custom automated LCDs.
Aber gerade Anfängern würde ich erst mal empfehlen, die Finger davon zu lassen, bis sie selbst die Spielmechanik verstanden haben. Sonst könnten sie bei einem der folgenden Updates evtl. ein böses Erwachen erleben.

EDIT:
Als ich damals mit SE angefangen habe, gab es noch lange nicht die Vielfalt an Skripten, wie heute. Schon gar nicht für jedes Problem. Wenn ich z.B. meine allerersten Versuche, ein vernünftiges Warenleitsystem zu errichten, mit meinen heutigen Entwürfen vergleiche, liegen da evolutionstechnisch Welten dazwischen. Diese Entwicklungen wären mir aber nie möglich gewesen, wenn ich von Anfang an für alles Skripte benutzt hätte.

SE lebt davon, dass man etwas entwickelt und verbessert. Skripte kann man immer verwenden sicher. Sollte man aber erst dann tun, wenn man vorher schon ein vernünftiges System erschaffen hat. Dann fliegt einem nämlich nicht gleich das Schiff/die Basis um die Ohren, wenn ein Skript nach einem Update mal nicht wie vorgesehen funktionieren sollte.

Jeder darf es machen wie er will.
Ich habe mich auch Stundenlang damit abgequält wie das alles geht.
Ich bin quasi noch Rooki mit ~200 Stunden
Aber SE ohne TIM kommt für mich persönlich nicht mehr in Frage.

Meiner Meinung nach doch! Alles was nicht vom Entwickler kommt! Nein ich gebe mich nicht geschlagen! AUA!!!! Ok, ich sag ja nix mehr!
Wie meine Oma zu sagen pflegte: "Der eine isst gern Spinat, der andere geht gern in die Kirch!"