Folgende Faktoren fallen mir gerade spontan ein, könnten noch einige mehr sein:
1. SE lädt die komplette Welt, MC nur die ersten paar Chunks, in denen man sich befindet.
2. SE hat komplexe Physikberechnungen, die erst einmal initialisiert werden müssen.
3. SE hat Asteroiden, die aus Voxelmaps bestehen, was auch wieder viel komplexer ist als MC.
(4. Ich vermute die Grafik ist ein wenig anspruchsvoller.)

Alles in allem ist SE einfach viel komplexer als MC. Es ist zwar noch Platz für Optimierungen, jedoch ist das nicht die einzige Ursache.

Des weiteren lädt Minecraft das Ressourcepack beim Start, SE lädt die Texturen erst beim betreten einer Welt und sie sind hochauflösender.